国内交流合作办公室（对口支援办公室）是在党委办公室（校长办公室）领导下，统筹协调全校各单位开展国内交流合作事务、对口支援工作以及其他定点帮扶任务的部门。国内交流合作办公室（对口支援办公室）的工作职责主要包括以下方面。

1.国内合作交流：统筹协调学校国内合作交流工作，主要是协调和保障学校与地方各级政府、军队、高校企事业单位的交流互访与合作洽谈，推动各单位落实以学校名义签订校地、校企、校级战略合作协议或其他专项协议，承担学校部署安排的其他国内合作交流事务。

2.对口支援：统筹协调教育部高校团队对口支援石河子大学工作和定点帮扶任务，主要包括教育部高校团队对口支援石河子大学和石河子大学支援南疆高校建设的工作，对接联络对口支援高校的支教教师、定向培养博士、插班生、教师进修等业务工作。